การรัน Source code

คู่มือผู้ใช้งาน TARA

การรัน Source code

การ compiling โปรแกรม เพื่อการใช้งานแบบ serial (Serial Compiling)
การ compiling โปรแกรม MPI เพื่อการใช้งานแบบ parallel (Parallel Compiling)

การ Compiling โปรแกรม เพื่อการใช้งานแบบ serial

คือ การรันโปรแกรมแบบปกติบน HPC ในตัวอย่างนี้ เริ่มจากตัวอย่างง่ายๆ โดยใช้ภาษา Fortran code ด้วย Code Hello word

Example Fortran code
---------------------
!  Fortran 90
PROGRAM hello
    CHARACTER(30) name           ! Fortran 90
    CALL getenv("HOST",name)     ! get run-host name
    PRINT *, 'Runhost:', name, '   hello, world'
END PROGRAM hello

Example: Intel compiler for serial mode

ทำการ Load module ของ intel compiler ซึ่งใน module ของ intel นี้ ได้มี compiler ของภาษา Fortran มาให้ด้วย โดยใช้คำสั่งตามด้านล่าง

$ module load intel
$ ifort .f90 -o

Example: Free and open-source software เช่น Foss compiler for serial mode

อีกรูปแบบคือ การใช้ foss compiler ซึ่งใน module ของ foss ได้มี compiler ของภาษา Fortran มาให้เช่นเดียวกัน

$ module load foss
$ gfortran .f90 -o

Language	Intel Compiler	Foss Compiler
Fortran 90	$ ifort myprogram.f90 -o myprogram	$ gfortran myprogram.f90 -o myprogram
C	$ icc myprogram.c -o myprogram	$ gcc myprogram.c -o myprogram
C++	$ icpc myprogram.cpp -o myprogram	$ g++ myprogram.cpp -o myprogram

การ compiling โปรแกรม MPI เพื่อการใช้งานแบบ parallel

OpenMPI และ Intel MPI (IMPI) คือ การนำวิธี Message-Passing Interface (MPI) standard มาร่วมเพื่อให้สามารถรันงานแบบ Pararell ได้ แต่ต้องมีการเขียน Code ที่รองรับการทำงานแบบ Pararell ด้วยเช่นกัน โดย Libraries ที่ยกตัวอย่างนี้ เป็นการทำงานร่วมกันของ MPI และ compilers สำหรับภาษา C, C++, and Fortran เพื่อสามารถทำงานบน Cluster ได้

Example MPI C code
---------------------

#include 
#include 

int main(int argc, char** argv) {
    // Initialize the MPI environment
    MPI_Init(NULL, NULL);

    // Get the number of processes
    int world_size;
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &world_size);

    // Get the rank of the process
    int world_rank;
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &world_rank);

    // Get the name of the processor
    char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];
    int name_len;
    MPI_Get_processor_name(processor_name, &name_len);

    // Print off a hello world message
    printf("Hello world from processor %s, rank %d out of %d processors\n",
           processor_name, world_rank, world_size);

    // Finalize the MPI environment.
    MPI_Finalize();
}

Example: Intel compiler for parallel mode

ทำการ Load module ของ intel compiler และ compile C โดยใช้คำสั่งตามด้านล่าง

$ module load intel
$ mpiicc .c -o

Example: Free and open-source software เช่น Foss compiler for parallel mode

ทำการ Load module ของ Foss compiler และ compile C โดยใช้คำสั่งตามด้านล่าง

$ module load foss          #foss is package for compiler
$ mpicc .c -o

Language	Intel Compiler	Foss Compiler
Fortran 90	$ mpiifort myprogram.f90 -o myprogram	$ mpifort myprogram.f90 -o myprogram
C	$ mpiicc myprogram.c -o myprogram	$ mpicc myprogram.c -o myprogram
C++	$ mpiicpc myprogram.cpp -o myprogram	$ mpic++ myprogram.cpp -o myprogram

ThaiSC

คู่มือผู้ใช้งาน TARA